長崎支所は、平成17年4月に設置され、主に長崎県内をはじめ、九州地方の漁港・漁場に係る調査、積算、施工管理業務支援を中心に業務を行っています。

また、漁場の調査については、高い技術力を有し、北海道や青森などでも実績を有するほか、洋上風力発電の影響調査も実施しました。

長崎支所漁場開発部は魚礁、増殖場、養殖場など漁場施設の整備に係る事前調査、設計、積算、出来形確認、効果調査等を行っています。

長崎支所漁港漁村部は発注者の要望に応じ、発注関係事務の様々なフェーズで幅広く発注者支援を行っています。

２．災害支援

１．設計・積算補助、監督補助、検査補助、効果調査業務

　（漁港・海岸施設、漁場施設、道路、公園、機能保全計画策定、洋上風力発電影響調査）

２．災害支援業務

　（調査、設計、査定設計書作成、査定立会）

サイドスキャンソナー（System4000、他2台）、インターフェロメトリ音響測深機（Edge Tech6205）、ROV（RTV.N-Hyper200EXY、他1台）、サブボトムプロファイラー地層探査機（Edge Tech3400）、水中可視化装置（AquaMagic）、GPSデータロガー、潜水器材一式・・・